Pesquisadores da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) que trabalham no sequenciamento do genoma do novo coronavírus (covid-19) descobriram que as cepas que circulam no Brasil se assemelham às encontradas na Europa, na América do Norte e na Oceania. A descoberta indica que o patógeno que causa a covid-19 entrou no país por diversos pontos.
A identificação foi durante o desenvolvimento de um novo protocolo para o sequenciamento do novo coronavírus, uma parceria do Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz) com a University College London, no Reino Unido.
Foram decodificados 18 genomas completos em amostras de pacientes de cinco estados – Rio de Janeiro, Alagoas, Bahia, Espírito Santo e Santa Catarina – e do Distrito Federal. Os dados foram inseridos na plataforma Gisaid, que compartilha informações de genomas dos vírus Influenza, Sincicial Respiratório e Sars-CoV-2 e já tem 35 mil sequências genômicas do novo coronavírus.
A chefe do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, Marilda Siqueira, explicou que acompanhar a evolução viral ao longo do tempo é importante para monitorar as variações que levam a casos mais graves da doença.
“Além de traçar as rotas de dispersão no mundo e no interior do país, a vigilância genômica integrada à vigilância epidemiológica é necessária para monitorar a ocorrência de variações genéticas que podem estar associadas à gravidade da doença ou à resistência a medicamentos”.
A plataforma de dados públicos Gisaid, criada em 2008 após a pandemia de gripe H5N1, chamada inicialmente de gripe aviária, destaca que o sequenciamento possibilita o acompanhamento em tempo real do progresso e entendimento da nova doença, contribuindo para a pesquisa e desenvolvimento de tratamentos médicos.
Genoma
O novo protocolo de sequenciamento genético do Sars-CoV-2, nome técnico do novo coronavírus, desenvolvido pelo IOC/Fiocruz e University College London, é mais rápido e tem menor custo, além de oferecer alta cobertura da extensão do genoma e reduzir falhas.
Segundo a Fiocruz, a metodologia permite sequenciar o genoma completo a partir de amostras retiradas de pacientes, sem a necessidade de isolar o vírus. Além de ter a capacidade de sequenciar até 96 genomas ao mesmo tempo.
O protocolo foi validado para três plataformas de sequenciamento genético: a Nanopore (MinION ou GridION), a Ilumina e a Sanger. Os dados já foram publicados em um artigo no site de pré-print BioRxiv e foi compartilhado na página protocols.io, para que toda a comunidade científica mundial tenha acesso.
A pesquisadora Paola Cristina Resende, do Laboratório de Vírus Respiratórios e do Sarampo, responsável pelo desenvolvimento do protocolo, disse que as diferenças encontradas no vírus ao redor do mundo ainda são pequenas.
“Como esse vírus circula há pouco tempo em humanos, ele acumulou um número pequeno de mutações e os genomas são muito parecidos em todo o mundo. Entre cerca de 30 mil bases que compõem o RNA (material genético) do novo coronavírus, observamos que poucas bases diferenciam uma cepa da outra”.
Segundo a Fiocruz, o novo protocolo é simples e eficiente e pode ser replicado em laboratórios nacionais e internacionais que dispõem dos equipamentos utilizados na pesquisa.
