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Antes de ser o Colégio Marista São Luís, o espaço denominava-se Escola Paroquial, tendo como fundador o Padre Augusto Lohmann, no ano de 1871 (mais tarde a escola seria denominada de Liceu Comercial São Luís). A escola funcionava na antiga Casa Canônica e a aula inaugural foi ministrada pelo professor Francisco Müssnich. Posteriormente, este foi substituído pelos professores José Meister e Jacó Wickert e a administração da escola passou a ser dos Padres Jesuítas. Era o ano de 1876 e entre os que acompanhavam a caminhada, estava o Frater André Steinbach, que criou os semi-internatos e incentivou diversas atividades extraclasses, tais como jogos, passeios e festas.
O aumento no número de alunos e as frequentes viagens dos Jesuítas, que dividiam suas atividades entre o magistério e os ofícios religiosos, passou a sobrecarregá-los e, em 1902, iniciou-se o processo da transferência para os Irmãos Maristas. Esta etapa contou com a importante participação do Padre Jacó Faech, superior das Missões, responsável por dar continuidade à obra escolar em Santa Cruz do Sul. No final do século XIX e início do XX, o Superior-Geral da Companhia de Jesus, reconheceu os encargos desempenhados pelos Jesuítas, fato que se tornou determinante para a transferência. Os irmãos Maristas franceses foram convidados, com o apoio do bispado gaúcho, a trabalharem na obra educativa. Cumprido o acordo em 1903, chegavam os três primeiros Maristas, sendo João Domingos (nomeado o primeiro diretor da Comunidade dos Irmãos em Santa Cruz do Sul), Ângelo Casimiro e Luís Emanuel. Em 1904, vieram os Irmãos Tarcísio e Desiré Teodósio.
Em abril de 1944, começou a demolição do antigo prédio, exíguo e inseguro, para dar lugar a um novo edifício mais apresentável. No dia 15 de agosto de 1953, foi inaugurado um amplo prédio fronteiro da Rua Marechal Floriano, na época prestigiado pelo Governador do Estado do Rio Grande do Sul, Ernesto Dornelles. Em 1964 foi criado o 1º curso superior do município, a Faculdade de Ciências Contábeis, e, em 1967, foi fundada a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras. No ano de 1968, foi instituído o segundo curso de nível superior no São Luís: a Faculdade de Direito. Dois anos depois, seria a vez da criação da Escola Superior de Educação Física e a da Faculdade de Ciências Contábeis. Em 1978, na outra frente, localizada na Rua Tenente Coronel Brito, a direção do Marista São Luís construiu um novo ginásio esportivo com capacidade para três mil pessoas. Inaugurado em agosto, o Luísão, apelido carinhoso do Ginásio de Esportes.
